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目次

序章 進化とはなにか

  1進化という言葉の定義

  2進化の原理

  3進化が起こるための条件

  4まとめ

  5さらに学びたい人へ

第Ⅰ部 進化が起こるしくみ

第1章 選択のしくみ1-自然選択と適応進化

  1.1自然選択と適応進化とは何か

  1.2自然選択の数理モデル化とシミュレーション

  1.3どのモデルを使うべきか

  1.4適応進化の速度

  1.5集団の有効な大きさ

  1.6自然選択の基本方程式(プライス方程式)

  1.7まとめ

  1.8さらに学びたい人へ

第2章 選択のしくみ2-遺伝的浮動と中立進化

  2.1遺伝的浮動と中立進化とは何か

  2.2中立の定義

  2.3遺伝的浮動のシミュレーション

  2.4中立進化速度

  2.5分子時計

  2.6ゲノム進化が中立である証拠

  2.7中立進化が適応進化に及ぼす影響

  2.8まとめ

  2.9さらに学習したい人へ

第3章 バリエーションが生まれるしくみ

  3.1変異が適応度のバリエーションをもたらすしくみの概要

  3.2DNAに入る様々な変異

  3.3DNA変異がタンパク質のアミノ酸配列に与える影響

  3.4変異が表現型へ与える影響

  3.5表現型が適応度に与える影響

  3.6まとめ

  3.7さらに学びたい人へ

第Ⅱ部 進化によってもたらされるもの

第4章 多様化をもたらすしくみ

  4.1生物の多様性の謎

  4.2種とはなにか

  4.3種が生じるしくみ1-異所的種分化

  4.4種が生じるしくみ2-同所的種分化

  4.5まとめ

  4.6さらに学びたい人へ

第5章 複雑化をもたらすしくみ

  5.1生物進化における複雑性の進化

  5.2MTEが起こるしくみ

  5.3協力関係の不安定性

  5.4協力関係が維持されるしくみ

  5.5協力関係(相利共生関係,利他性)が生まれるしくみ

  5.6まとめ

  5.7さらに学びたい人へ

第6章 生物以外で進化するもの

  6.1生物以外で進化するものとは何か

  6.2自己複製分子

  6.3分子の進化の応用-進化工学

  6.4デジタルオーガニズム

  6.5遺伝的アルゴリズム

  6.6まとめ

  6.7もっと詳しく学びたい人のために

第7章 進化を解析するための手法

  7.1本章で紹介する手法の概要

  7.2アライメント(alignment)

  7.3系統樹(phylogenetictree)

  7.4同義・非同義変異率

  7.5適応度地形(fitnesslandscape)

  7.6計算機シミュレーション

  7.7もっと学びたい人のために

終章 生物進化に残る謎

  1本章で扱う謎

  2小進化の繰り返しで大進化は起こるのか?

  3生物の進化の結果は必然か,偶然か?

  4進化は予測できるのか?

  5今の生物の進化と原始生物の進化は同じなのか?

  6生物のように進化するものは作れるか?

  7おわりに

補遺

  S1一倍体集団における新規遺伝子型の固定確率(1.2.5項の補足)

  S2一倍体集団における中立変異の固定時間-その1(2.4.3項の補足)

  S3一倍体集団における中立変異の固定時間-その2(2.4.3項の補足)

  S4一倍体集団における有益変異の固定時間

  S5プライス方程式の導出

  S6ハミルトン則のプライス方程式による表現

  S7グループ選択についての補足

  S8グループ選択から血縁選択と同じ協力進化の条件を導く

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